近日，我们迎来了IPA（Ingenuity Pathway Analysis）2026年夏季新版，此版本新增了智能科研助手IPA Investigator、层次聚类、Compare Builder等功能，知识库新增超过19万条生物学证据。

功能更新

1. IPA Investigator：由人工智能驱动的生物学深度解析科研助手

IPA Investigator已直接集成到分析工作流中，能够根据您提出的问题，提炼关键研究主题、作用机制与调控关联，助力您从分析结果中快速挖掘生物学内在规律，并以通俗易懂的语言完成解读。IPA Investigator还可自主执行相关操作，例如绘制全新通路图进行归纳，或是筛选分析数据以突出重点结果。

无论您是希望提高工作效率的资深IPA用户，还是IPA的新手，IPA Investigator都能成为您的专业研究搭档。它能为您推荐您可能未曾考虑过的分析方法或思路，实时解答您对结果的疑问，并帮助将您自己的科学术语转换为IPA的专业术语，帮助您更轻松地理解晦涩难懂的分析结果，加速从数据到发现的进程。

图注：IPA Investigator界面

图注：打开需要解读的窗口，以便IPA Investigator将其作为上下文依据（若打开了多个结果窗口，仅使用最前面的窗口）

针对提出的问题，IPA Investigator会自动提供下一步操作的建议，以便进行深入探究。在上图的示例中，IPA Investigator建议创建分析主题（AnalysisTheme）：构建Wnt/FGF相关通路比较早期中胚层与干细胞调节回路。下图显示了IPA Investigator执行相关操作后生成的网络。

图注：IPA Investigator围绕主题生成的网络

网络构建完成后，IPA Investigator建议对其进行因果分析。下图展示的左侧表格按z分值进行了排序，并选择性地把“骨细胞分化”添加到了网络中，展现了网络中的分子如何影响骨发育，进一步证明了骨细胞和心肌细胞的分化拥有多个共同的上游调控因子。

图注：用户选择GrowToBioFunctions后的界面，左侧的Grow面板中显示了IPA的因果分析结果

此外，有关IPA使用方面的问题，您也可以向IPA Investigator咨询，例如询问如何利用IPA解决具体的研究问题。

注意：现有IPA用户的IPA Investigator默认是未启用状态，如需使用请联系我们免费开通。

2. 在比较分析中纳入OmicSoft公共数据集的分析结果

在IPA Interpret网页中，您可以在比较分析中纳入高达50个来自OmicSoft的分析（需要Analysis Match的license权限），利用不断增长的几十万项公共数据集帮助解读您的结果。

在下图案例中，研究者进行了小鼠肝脏转录组表达分析，小鼠口服了NFE2L2激活剂CDDO-me（数据源自GSE222256，经重新处理）。并将该分析与OmicSoft数据库中相似度较高、以及反向匹配（即表达模式相反）的其他分析进行横向比对。气泡图展示了各组分析中排名靠前的部分实体的评分。可见，在有的分析中NFE2L2被预测为激活型上游调控因子，而在有的分析中呈抑制状态或无显著调控活性。

图注：示例展示将某项分析（最左侧的那列）与17项OmicSoft分析进行对比（点击竖着的分析名称打开右侧栏查看元数据信息）

3. 对行和/或列进行层次聚类来发现生物学模式

此版本的IPA Interpret新增了气泡图行、列层次聚类功能。下图展示了筛选排名前500的实体后执行聚类的结果（对行开展聚类前，实体数量上限为7000个）。

图注：聚类分析能够发掘具有研究价值的模式和关联

聚类不仅能揭示分析结果（即列）之间的隐含关系，还能提示实体子集（如通路、调控因子等）之间的潜在相似性。在上面的示例中，化合物1,2-二硫杂环戊烯-3-硫酮与上游调控因子NFE2L2聚类紧密，这是因为依据IPA知识库，该化合物调控一组已知基因的表达，调控方向与NFE2L2一致。从生物学角度来看，该化合物属于NFE2L2激活剂（与实验小鼠所施用的CDDO-me作用机理相同）。

因此，IPA预测在各组分析中，上游调节因子1,2-二硫杂环戊烯-3-硫酮和NFE2L2具有相似的激活与抑制模式。需要注意，紧密聚类的实体未必调控同一组基因，却仍会在多项分析中呈现一致的预测活性模式，这有望帮助研究者获得新发现。

4. 通过“Data display”菜单自定义对比分析的参数

IPA Interpret现已支持更加灵活的自定义设置，可调节气泡亮度与大小，以及选择是否标记无统计学显著性的气泡。例如，当存在大量高值离群点时，气泡颜色有时会过淡，通过色阶滑块（Color Scale Range）手动调整即可解决该问题。

图注：点击Data display下方的下拉菜单进行自定义设置（包含Filters和Visual两类设置）

5. 通过“More Filters”菜单自定义对比分析

该菜单可自定义对比分析气泡图中展示哪些实体，支持按实体名称或类别进行筛选，和/或按该实体所在网络中的基因名称进行筛选。也可以输入实体的部分名称进行筛选，或是手动勾选复选框，纳入感兴趣的实体。下图展示了一个筛选示例，筛选了所有属于细胞因子的上游调节因子。

图注：使用More Filters进行筛选

6. Compare Builder快速汇总分析

通过Compare Builder，您可轻松汇总待比较的分析结果，可在IPA Interpret主页、Similar Analyses板块、详细信息页面选取数据。其操作逻辑类似线上购物车，您能够从多个页面挑选条目，最后点击Create Comparison进行对比分析。

图注：从主页中选择待比较的分析，通过右上角的Add to Compare Builder添加

若需要加入来自OmicSoft的分析，需先点击打开一项您自己的分析，然后滑到页面底部的“Similarities and Differences to OmicSoft Analyses”板块（如下图）。图中的每个点都代表一个OmicSoft分析，点击图中的某个点选择要纳入的分析，然后点击弹出的描述框中右上角的Add to Compare Builder按钮（如下图）。

图注：可逐一点击圆点查看分析详情，以便决定是否将其纳入后续的比较分析

此外，也支持批量选取多项分析用于比较，可根据元数据和/或评分对整个相似性分析表格进行筛选，然后勾选或全选这些分析纳入比较。勾选顺序即为对比分析图表中的展示顺序。

图注：批量选择分析项以将其添加到Compare Builder中

7. 自定义所需导出的单个分析的气泡图

与IPA Interpret中的条形图功能一致，现支持自定义气泡图的配色、字体等样式，导出后可直接用于文章发表。

图注：气泡图的新自定义功能

内容更新

1. 新增通路

新增了8条Ingenuity信号通路。目前，IPA知识库包含超过1300个交互式经典通路（联系我们可获取全部通路的列表），超过1500个机器学习疾病通路。

2. 新增证据

本季度新增了超过19万条新证据。除了每周新增的专家审阅整理的证据外，新增的内容还包括BioGrid的蛋白-蛋白相互作用、ClinVar的癌症突变发现、GWAS的基因-疾病发现、ClinicalTrials.gov的基因-疾病发现、Gene Ontology的发现、IntAct的蛋白-蛋白相互作用等等。

3. 新增OmicSoft组学数据集

本次更新新增了1555个数据集。在Analysis Match、Activity Plot、Pattern Search、OmicSoft Explorer等功能中，用户可以探索超过23万个人工整理的公共数据集（具体数据统计如下表），或是将它们与自己的数据集进行比较分析。

IPA的内容团队和开发团队一直以来都在不断提升和完善知识库和功能，源资科技一直以来都在不断为广大的用户带来优质的解决方案和支持服务。

欢迎联系我们获取免费IPA试算机会！

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