本期内容我们带来了Schrödinger 2026-3新版发布，其强化了FEP自由能计算、大环模拟、E-sol计算、阻转异构预测、晶体预测等方面的功能，助您提升研发效率与成功率！
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视频来源：www.schrodinger.com
一、小分子药物发现
1. Maestro图形界面更新
新增非标准核苷酸支持：右键单击任意DNA或RNA残基，即可通过带二维结构预览的可搜索面板，将其突变为非标准核苷酸。
图注：右键选择非标准核苷酸
新增GPCR Workspace Preset：用于可视化带注释的G蛋白偶联受体。
图注：左侧栏新增GPCR层级
经过全面优化的表面管理功能，支持通过表面切换按钮比较多个表面：选中多个表面后，可在Info选项卡中按照Area、Isovalue、Sigma等指标进行可排序的并排比较。该面板现已支持分离窗口、自由悬浮。
图注：点击Float Pane可将面板悬浮
简化了生物制剂从Maestro到LiveDesign的导出流程：重新设计了Generic Entity导出面板（“Biologics/Others”），提供两个清晰的工作流：Register New Entities（支持基于HELM的去重）、Append 3D Data to Existing Entities。
图注：导出面板
优化了工作区交互中的Load Selection功能：在工作区中选中原子，点击Interactions下拉菜单中的Load Selection，即可立即显示其交互情况，无需手动配置“Other”定义。
Get PDB中新增Standalone Map Import：衍射数据和电子显微镜密度图（EM maps）现作为独立条目导入，并在Project Table中与其结构成组显示。
新增Other Modalities任务工具大类，下设Degraders（降解剂）和Macrocycles（大环化合物）子类别，将各类专用面板分组，便于快速查找。
更直观的剪切平面缩放控制：剪切平面视图现在默认随工作区一起缩放，新增右键菜单选项，无需进入Preferences即可切换剪切平面行为。
重新设计Preferences Directories页面：Browse按钮让布局更简洁，术语更清晰，可自动检测SCHRODINGER_TEMP_PROJECT的覆盖配置，且仅限Windows的部分在Mac/Linux上被隐藏。
Help菜单中新增了Check for update选项。
MSV成对序列比对功能大幅改进。
2. 靶点验证与结构解析（Structure Enablement）
Protein Preparation工作流
在结构准备过程中自动标注GPCR。
在结构准备过程中，硒代蛋氨酸默认转换为蛋氨酸。
全面优化了命令行选项，以提高简洁性并使其与Maestro界面的默认设置保持一致。
在学术版Maestro中禁用/隐藏了不可用的选项。
由于impref最小化方案已弃用，命令行界面（CLI）中移除了-noimpref参数。
采用新的侧链重建方法时，若侧链原子重建失败，向用户发出警告。
协同折叠
Maestro面板可在已完成准备的模型中自动评估并校正配体键级。
在后处理中移除了基于置信度的残基修剪功能。
利用完整的多重序列比对构建同源模型，模型可在MSV中查看。
Predictive Tox Panel
面板中新增了13种GPCR靶点：5HT1B、5HT2B、5HT2C、ACM4、ADA2A、ADRB1、ADRB2、APJ、DRD3、OX2R、DRD2、ADORA1和CNR2。
面板中新增了5个溴结构域靶点：BRD2 BD1、BRD2 BD2、BRD4 BD1、BRD4 BD2、CBP。
面板中新增了3个核受体靶点：RXRa、AR、ER Beta。
所有面板靶点同时支持Predictive Tox和Predictive Tox SAR面板。
图注：Target下拉菜单中可见新增的靶点
图注：广泛的靶点覆盖范围有助于尽早评估选择性风险，此时仍具备对化合物系列开展分子重设计的调整空间
图注：新增Sided Error列，可区分精确测量值与实验检测上下限区间，从而明确可降低风险的决策依据
3. 结合位点与结构分析
结合位点特征分析
首次发布Rapid Binding Site Similarity（RBSS）。
图注：RBSS功能，数据库含超过100万个PDB结合位点
可在数秒内计算某个蛋白质与PDB中所有结合位点之间的相似性。
计算某个蛋白质与用户提供的结合位点库之间的结合位点相似性。
利用在网格上计算得到的粗粒化分子相互作用场（MIF）来表征不同官能团（包括芳香基团、疏水基团、氢键受体、氢键供体以及正负电荷）在网格空间的占位偏好。
Desmond分子动力学
支持调整氢质量重分配（Hydrogen Mass Repartitioning, HMR），将模拟速度提升约66%。
图注：新增HMR功能
System Builder现已支持7种新的混合磷脂双分子层体系。
图注：支持7种新的混合磷脂双分子层体系
混合溶剂分子动力学（MxMD）
在模拟输入文件中指定探针目标浓度（仅限命令行）。
4. 苗头化合物发现与虚拟筛选
主动学习的应用
在纳入所选配体的所有质子化状态后，自动生成多状态质子化基团的基团dG预测值。
在ABFEP和最终重打分ABFEP步骤中，分别针对带电配体和不带电配体指定lambda窗口的数量。
在AL-ABFEP模拟中施加位置约束。
报告文件中AL-FEP+富集子结构现已排除共有核心。
在GraphDB上运行ABFEP时，AL-ABFEP对最终重打分配体采用接续运算，而非从头计算，从而节省计算时间。
对接
Glide默认使用ZMQ任务分配（-mq参数），通过优化子任务调度，缩短包含多个子任务的对接任务的实际运行时长。
5. 先导化合物优化
RetroSynth
全新的整合式Maestro RetroSynth设置与分析面板：可在Maestro或LiveDesign中执行并分析由RetroSynth生成的逆合成路线。
图注：切换到Analysis面板
FEP+
新增ABFEP扫描模式：通过使用半lambda窗口、2 ns模拟时间以及截短受体，计算速度最高可提升5倍，精度仅有轻微损失。
图注：新增ABFEP扫描模式
新增相互作用能图谱片段分解功能：便于深入分析特定化合物片段与受体的相互作用。
图注：片段分解功能更直观地展示相互作用
新增对7种新型混合磷脂双分子层体系的支持。
通过Maestro界面创建向Web Services提交的“写入”命令。
PoseBuilder现可通过命令行或在LiveDesign中生成可直接用于共价FEP+计算的共价蛋白-配体复合物构象。
蛋白质FEP
直接在Maestro界面计算pH依赖性亲和力。
图注：新增pH-dependent Affinity计算类型
进行大规模FEP Residue Scanning（FRS）：全新工作流将突变分为多个批次自动并行运算，然后将结果合并到单个out.fmp文件中。
E-sol
新增面板，可在有实验外排比（Efflux ratio）数据时用于设置、执行和分析预测结果。
图注：E-sol Calculations显示预测的E-sol值与实验数据的相关性图
FEP+ Protocol Builder
整合式面板，可用于设置和分析FEP+ Protocol Builder任务。
图注：通过顶部的2个圆圈按钮切换视图
新增参数，支持对多种膜体系进行探索。
命令行“-prepare”模式，可以仅生成计算方案，不提交任务。
量子力学
利用全新的Maestro面板预测化合物的阻转异构（atropisomerism）现象，并分析关键旋转能垒。
图注：新增阻转异构预测功能
在自动生成的HTML报告中，直观查看AutoTS计算的模拟设置和结果。
图注：HTML报告（局部）
波谱分析
现已支持碳氟键（C-F）的13C NMR重原子校正。
半经验量子力学
完成安装后可从Jaguar调用g-xTB（必须激活XTB_GXTB功能标志）
大环化合物
新增用于启动MacroDock任务的大环对接面板。
图注：新增MacroDock功能
图注：其分治算法（Divide-and-Conquer）无需预先知晓分子的结合构象，便于对各类分子模态开展计算，同时拓宽可供探索的化学空间
Prime大环采样面板中新增采样选项。
针对含有特定氮化学结构的环系，优化了Glide和IFD-MD对接中的大环构象生成功能。
在Prime大环采样（Prime-MCS）中，对万古霉素等复杂多环化合物进行了更全面的采样。
Prime-MCS生成的构象均可全部自动对齐至同一参考坐标系。
大环化合物对接工作流（MacroDock）的速度比原始文献报道的快约2.5倍，在保持约80%成功率的同时，将每个化合物的CPU运行时间中位数缩短至1小时以内。
MacroDock现已支持基于实验电子密度图开展对接。
新增脚本macrocycle_batch_docking.py，用于在同一配体结合位点执行批量对接。
6. 药物制剂
晶体结构预测
正式发布Crystal Structure Prediction，支持盐类、溶剂化物和共晶体的晶体结构预测，助力固态制剂开发中进行可靠的晶型选择。在投入湿实验之前，通过大规模计算筛选识别出稳定性最优且具备可制备性的晶型，从而稳固制剂开发策略。
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二、生物大分子药物发现
支持简易、高通量地构建非标准核苷酸库，可在Maestro中用于DNA/RNA/寡核苷酸设计。
PIPER新增输出文件类型，可简化对接构象的分析，从而减少后处理工作量。
此外，Schrödinger的智能协同研发科学家Bunsen开放了内测，用户能够以优质的实践流程拓展研究方向、优化方案。欢迎联系我们获取试算机会！
图注：AI科学家Bunsen全方位助力药物研发
【参考资料】
Release 2026-3, https://www.schrodinger.com/life-science/download/release-notes/
