近日，知名的药物发现计算平台Schrödinger迎来了版本更新，
强化了毒理预测、AI逆合成、元动力学模拟等方面的功能，助您提升研发效率与成功率！
点击观看Schrödinger平台2026-2新版亮点！
视频来源：www.schrodinger.com
一、小分子药物发现
1. Maestro图形界面更新
Interactive 2D Overlay：可在二维叠加层上使用精准矩形选框与套索选取工具，操作实时同步至工作区，无需受三维结合位点繁杂视觉元素的干扰。
图注：在二维选取后实时同步到三维图像
Task Tool Smart Search：具备智能模糊检索能力，可识别用户检索意图。即便存在拼写错误或概念类检索词（如dockng、T-cell），也能立即定位所需的功能面板。
Maestro Assistant：
Agentic Status Indicators：实时更新状态，以此替代通用的加载动画，以便用户能随时掌握助手当前运行的任务。
支持多会话分立留存：支持新建、重命名、切换及删除多个会话，各会话独立保留聊天记录。
Privacy & Transparency Controls：用户可在Preferences中直接开启或关闭Maestro Assistant，界面内清晰显示当前隐私模式。全新欢迎界面与常驻式AI免责声明栏明确说明“用户工作区的结构数据绝不会上传至大语言模型”。
Surfaces：现可一键将静电势图（ESP）、福井反应性图谱投射至Jaguar计算所得的电子密度等值，以往该操作需多步手动完成。
图注：一键投射ESP与福井反应性图谱
2. 力场更新
在OPLS5力场中引入了金属可极化力场，提升了特定金属离子（Ca (II)、Mg (II)、Fe (II)、Zn (II)、Pt (II)、Ir (III)）所形成金属配合物的计算精度，支持在FEP+及Desmond（beta）中应用。
3. 靶点验证与结构解析（Structure Enablement）
Protein Preparation工作流
优化了诊断面板，可便捷地评估与晶体伴侣的空间碰撞情况。
全新升级侧链重建算法。
完善使用日志记录，优化FASTA序列与结构条目的匹配。
学术版Maestro现已支持对预处理后的结构进行能量最小化。
可自动修正亚砜亚胺类化合物（sulfoximines）的成键方式，解决其在wwPDB/CCD数据库中常出现的键级标定错误问题。
新增可在Maestro中自动添加糖基化化学键的功能选项。
预处理阶段可自动检测环刺穿（ring spear），并在“Overlapping”诊断面板中展示它们。
Predictive Tox Panel：正式发布Predictive Tox Panel，用于筛查未知风险。
图注：Predictive Tox Panel界面
开放测试版Predictive Tox SAR panel，可基于已有构效关系数据，自动构建常见反靶点的高精度原子级模型。
图注：Predictive Tox SAR panel界面
4. 结合位点与结构分析
Mixed Solvent MD (MxMD)：
正式发布增强隐性结合位点识别的工作流：通过混合溶剂分子动力学（MxMD）结合SiteMap工作流，可靠地揭示和检测隐性结合位点。
图注：发现隐性结合位点
混合溶剂分子动力学模拟（MxMD）可自动运行SiteMap重新打分，省去人工操作步骤。
密度图现以CCP4格式输出，不再采用CNS格式。
5. 苗头化合物发现与虚拟筛选
Docking
高精度大环对接流程MacroDock现已支持命令行调用。
Generative Glide (beta)提升了超大分子库筛选的运行性能与效率：依托生成式人工智能，快速筛选可按需合成的超大化合物库，耗时远低于AL-Glide及穷举筛选方式。
6. 配体预处理
Enumeration
全新界面支持基于REINVENT方法，利用生成式AI针对分子材料完成全新分子的枚举。
Shape Screening
QuickShape现已支持将一维筛选结果保存为CSV格式的文件。
ABFEP（绝对结合自由能微扰）
支持在软件界面中直接施加约束条件。
图注：设定约束条件
7. 先导化合物优化
FEP+：
通过时间分片统计方法，确定可维持计算精度的最优模拟时长。
支持在Web Services (GraphDB)、Active Learning FEP及FEP+ Protocol Builder之间共享FEP+计算方案，可便捷地导入导出新增的FEP+方案配置文件，保证参数一致性。
优化了Force Field参数合并。
通过保存子循环与图遍历过程，闭环计算性能最高提升100倍。
Protein FEP
将蛋白相关的“selectivity”更名为“affinity”，与残基扫描的术语保持统一。
FEP+ Protocol Builder
在划分测试集/训练集时，可纳入分组的化合物进行考量。
Macrocycles
Macrocycle Score：新增半自动工作流，可针对指定的构象集对大环核心开展优化与评分。支持借助机器学习力场及量子化学方法实现高精度打分。
Macrocycle Stability：新增脚本，可通过结合姿态元动力学模拟，相较于参比分子对大环环化结构的稳定性进行排序评估。
Macrocyclize：环化反应可输出更详尽的拒绝原因。
Macrocyclize（多肽模式）：可对自定义SMILES连接子自动枚举所有L型、D型氨基酸的连接组合。
Prime Macrocycle Sampling：新增命令行参数-use_random_seed，用于在采样过程中设置随机种子。新增-curvature_tol，用于在采样过程中设置曲率约束。新增-freeze_torsions，用于在采样过程中设置需要固定的二面角。
8. 从头设计
AutoDesigner
正式发布R-group Design panel、Core Design panel、Linker Design panel，并优化了AutoDesigner PDF报告。
图注：AutoDesigner界面
9. 药物制剂
Formulation ML
制剂机器学习模块新增了蛋白质体系的支持
Crystal Structure Prediction
正式发布Crystal Structure Prediction功能，支持无水Z'=2及一水合物晶体多晶型结构。可通过层级打分，针对指定化合物在绝对零度与室温条件下识别稳定的晶体多晶型。
10. 逆合成设计
RetroSynth
正式发布AI驱动的逆合成设计工具RetroSynth，可实现更快速、精准的合成路线规划，助力降低合成研发成本。能够批量预测最优且高性价比的合成路径，高效筛选出易于实施的合成路线。
图注：RetroSynth界面
除了以上功能更新外，还有大量教程更新，欢迎联系我们获取！
二、生物大分子药物发现
非标准氨基酸脚本（公测版）：可简化并加快残基扫描所需的非标准氨基酸数据库构建流程。
新增用于计算蛋白质描述符（protein descriptor）的快速模式（Fast Mode）命令行选项。该模式在基准数据集上可将蛋白质描述符的计算速度提升约20%，尤其适用于大规模结构集合的计算场景。
抗体建模过程中启用了轻链模板亚型选择功能，为抗体结构模型构建的模板筛选提供更高的灵活性。
在蛋白质描述符计算输出结果中，新增抗体互补决定区（CDR）序列长度参数，用于抗体特征谱分析。
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